Les découvertes récentes des neuroscientifiques, et certains de leurs objectifs proclamés, alimentent ce que l’on pourrait appeler « la Guerre des deux sujets », une guerre qui n’est pas nouvelle historiquement en psychiatrie et en psychopathologie. Deux camps apparemment bien délimités s’affrontent : d’un coté, les défenseurs du “ Sujet parlant ” s’inquiètent du raz-de-marée des neurosciences, lesquelles risqueraient de mettre fin à la subjectivité humaine, tandis que ceux du “ Sujet cérébral ” considèrent que, grâce à elles, il va enfin pouvoir être possible de ne plus aborder les pathologies mentales comme des pathologies particulières, car cela “ culpabilise ” les patients et/ou leurs parents et contribue à leur “ stigmatisation ” ; — le domaine en plein bouleversement de l’autisme est sans doute aujourd’hui le principal champ de bataille en psychiatrie. Plus encore, nombre de chercheurs en neurosciences pensent qu’ils arriveront à terme à expliquer les comportements sociaux et les sentiments moraux.
Ainsi, ces controverses, en questionnant une certaine représentation de la découverte freudienne soulignent la nécessité d’examiner la place de la psychanalyse dans le champ social et de questionner voir de soutenir son épistémologie.

En effet, aujourd'hui, on peut se demander si la psychanalyse n’est pas à la merci de trois grands périls qui risquent de l’éloigner de ses perspectives originelles. Dans des directions certes différentes, ces trois tendances gagnent désormais en influence, et rencontrent d’ailleurs un écho parfois bienveillant, tant chez certains partisans de la psychanalyse, que chez ses habituels opposants et contradicteurs. Certains semblant alors admettre qu’il serait désormais possible de réduire les prétentions de la psychanalyse en infléchissant tel ou tel point de la doctrine.

Ainsi, premièrement, les tendances à la psychologisation, par exemple révélées lorsque certains veulent considérer la psychanalyse comme une psychothérapie, ou deuxièmement, la pente herméneutique suivie par certains courants contemporains de la psychanalyse, en particulier l’IPA , partagent, avec une troisième tendance, qui serait la tentative de scientificité de la psychanalyse, et son corollaire méthodologique, une même volonté de limiter le champ théorique propre à la psychanalyse freudienne et lacanienne.

La psychologisation contemporaine de la psychanalyse vise à vider l’inconscient de sa dynamique et exclut de ce fait la radicalité de la singularité subjective. La pente herméneutique renoue avec une tradition du symbolisme, antérieure à la rupture introduite par Freud, et renvoie la psychanalyse aux confins d’une approche compréhensive. A l’opposé, la volonté de scientificité, tout en abandonnant la perspective freudienne qui avait permis en son temps de contourner la « Querelle des méthodes » instaurée à la fin du XIX ème siècle, impose ex nihilo une méthodologie et des principes d’évaluation hétérogènes aux objectifs de la psychanalyse.

Ces trois tendances procèdent également des changements dans le champ social, et imposent de l’extérieur des mutations conformes aux exigences politiques et économiques contemporaines, dont l’analyse mérite toute notre attention.

Mais, dans ces trois variantes, la démarche relève en définitive d’un même a priori, consistant à importer une épistémologie extérieure au champ de la psychanalyse,  pour secondairement mesurer cette dernière à l’aune de la première. Une telle démarche trouverait sa légitimité dans l’absence d’une épistémologie propre à la psychanalyse justifiant un recours extérieur. Or, la question demeure de savoir si ce défaut est structurel à la découverte de l’inconscient, ou s’il relève d’un leurre traduisant une forme de méconnaissance, non pas de la portée des découvertes freudiennes, mais bien plutôt de l’épistémologie propre à ce champ du savoir, laquelle organiserait l’ensemble de façon unitaire.  
 
Ainsi, les neurosciences et le champ social aujourd’hui questionnent la validité scientifique de la psychanalyse.  Le débat tourne autour des difficultés soulevées par l'idée de tester ou d'évaluer les hypothèses psychanalytiques sur le modèle des sciences naturelles expérimentales et physiques. Il s'agit là d'un débat fondamental qui occupe aujourd’hui le champ des neurosciences  et de la philosophie des sciences. Mais ce débat n’est pas nouveau, il a été initié par Karl Popper , pour lequel, comme nous le savons, il n'existe pas de caractère scientifique des hypothèses psychanalytiques puisqu'elles ne sont pas testables. Pour cet auteur, une hypothèse est scientifique si elle peut être réfutée ou falsifiée au moyen de procédures expérimentales, reproductibles par n'importe quel sujet. Une hypothèse non testable ou non falsifiable ne peut pas être considérée comme scientifique. Elle n'est pas forcément fausse, mais elle appartient à un autre ordre que celui généré par la science.

Pour Popper, Freud représente tout ce que la science doit s’interdire puisque les arguments psychanalytiques sont tels qu’aucun fait empirique ne peut les réfuter. Un des exemples de cette  non-falsifiabilité « structurelle » de la psychanalyse serait celui de la thèse freudienne du rêve dans l’Interprétation des rêves  . Freud soutient que l’essence du rêve est d’accomplir un désir qui est sexuel, infantile  et inconscient.  Popper prend alors l’exemple des rêves « contraires » au désir, ou des cauchemars et il examine les réponses de Freud à ces contre-exemples, à savoir qu’il peut exister chez un patient le désir de prouver à Freud qu’il a tort, ce qui sert à confirmer sa thèse du rêve-désir. Ce sont là pour Popper à la fois une manière de déroger à la règle scientifique qui veut que l’on se concentre au sein de la construction d’une théorie scientifique sur les hypothèses les plus exposées aux démentis empiriques, et même une façon de produire un sentiment d’invincibilité qui n’est plus selon Popper de nature épistémologique mais sociologique.

Dans le contexte plus contemporain, ces arguments font l’objet d’un débat qui revient en fait sur la thèse poppérienne de l'irréfutabilité logique de la psychanalyse , qui la range dans les spéculations infalsifiables. Ainsi la psychanalyse serait une théorie empiriquement testable, et il s’agit d’évaluer les principaux éléments de sa théorie, par exemple, d’évaluer les notions de transfert, de refoulement ou d’association libre, au même titre que toute discipline scientifique au sens propre.

A mon sens, la mise en cause de la psychanalyse par les neurosciences commet l’erreur de partir d'une extériorité de la discipline pour interroger sa validité et sa scientificité. Extériorité de l'évaluation thérapeutique par rapport à l'objet propre de la psychanalyse, qui le plus souvent se juge à l'aune d'une singulière transformation de l'objet, par un subtil glissement entre les « buts » de la psychanalyse et les buts « standards » de la thérapeutique. Ainsi, à défaut de juger de l'efficacité de la psychanalyse par rapport à ses propres enjeux, on la juge et on la teste par rapport à des buts ou à des objectifs que l'on définit a priori comme devant être les fins nécessaires de toute action thérapeutique. Ce n'est donc pas ici l' « efficacité » de la psychanalyse qui est évaluée mais bien plutôt l'éventualité que la psychanalyse ait une efficacité équivalente à celle d'autres pratiques.
Cette démarche critique semble donc sous-tendue par un a priori selon lequel l'efficacité thérapeutique est un invariant universel indépendant du contexte théorique qui prétend la produire. La légitimité de cette approche se heurte à des principes épistémologiques qui restreignent considérablement la portée des réserves émises, dans la mesure où leur pertinence dépend étroitement de l'absence d'une épistémologie et de critères propres à la psychanalyse.

De la même manière, la contestation du caractère falsifiable de la psychanalyse chez Popper, ou du caractère scientifique de la psychanalyse reposent en grande partie sur une démarche délibérément extérieure au champ propre de la psychanalyse. Là encore, ces démarches pourraient sembler légitimes si la psychanalyse ne possédait pas sa propre épistémologie. Mais on regrettera bien évidemment que celle-ci soit si souvent absente de ces débats.